ในสมัยสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชได้ทรงรวบรวมบรรดารี้พลที่วัดแห่งนี้ เมื่อคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ ๒ ต่อมาในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ ได้โปรดเกล้าฯ ให้เจ้าพระยาพระคลังคุมทัพเรือมาทำสงครามกับเขมร และระหว่างที่พักกองทัพอยู่นั้น ได้พร้อมใจกันสร้างวัดขึ้นขนานนามว่า “วัดโยธานิมิต” เพื่อเป็นเครื่องเตือนใจระลึกถึงการที่เคยได้ร่วมรบ ร่วมกิน ร่วมนอนมาด้วยกัน โบราณสถานที่สำคัญของวัดนี้ ได้แก่ พระวิหาร (พระอุโบสถหลังเก่า) ซึ่งเป็นศิลปะแบบอยุธยา ภายในพระวิหารมีภาพเขียนจิตกรรมฝาผนังที่น่าสนใจ เช่น ภาพเขียนเรื่องเวสสันดรชาดก ฯลฯ และเคยเป็นสถานที่ถือน้ำพิพัฒน์สัตยาของข้าราชการเมืองตราด วัดโยธานิมิต (วัดโบสถ์) เป็นวัดหนึ่งที่เข้าร่วมโครงการปฏิบัติธรรม เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่ของรัฐ ตามแนวนโยบายของสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ