วัดใหญ่อินทารามได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๓๕ และได้รับพระมหากรุณาธิคุณโปรดเกล้าฯ ให้ยกฐานะขึ้นเป็นพระอารามหลวง
เมื่อวันที่ ๑๕ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๑๘ หลักฐานทางโบราณคดีที่สำคัญ ได้แก่ พระอุโบสถ สร้างขึ้นในสมัยอยุธยา และได้รับการบูรณะซ่อมแซมหลายครั้ง เช่น
ในสมัยรัชกาลที่ ๓-๔ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ในปี พ.ศ. ๒๕๕๗ พ.ศ. ๒๔๗๒ และมีการเทพื้นพระอุโบสถ และประดับหินอ่อนบริเวณผนังภายใน ปี พ.ศ. ๒๕๕๔
ลักษณะทางสถาปัตยกรรมของพระอุโบสถเป็นอาคารก่ออิฐถือปูนทรงไทย ผังรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าขนาดความกว้าง ๑๐ เมตร ความยาว ๒๑ เมตร หันหน้าไปทาง
ทิศตะวันออก หลังคาเครื่องไม้มุงกระเบื้องดินเผาสี ลดชั้น ๒ ชั้น มีชายคาปีกนกโดยรอบ เครื่องสยองปูนปั้น ช่อฟ้าทำเป็นรูปเทพพนนหันหน้าออกทั้งสองด้าน
ใบระยาเป็นครีบหางหงส์ทำเป็นเศียรนาค ด้านทิศตะวันออกมีการต่อเฉลียงยื่นออกไปอีก 6 ห้อง ครอบหุ้มใบเสนาด้านทิศตะวันออกไว้หน้าบันด้านหน้าและหลังประดับตกแต่งด้วยเครื่องด้วยลายครามและเครื่องถ้วยเบญจรงค์ ตัวพระอุโบสถหน้ากระดานฐานสิงห์รองรับผนังก่ออิฐถือปูน ส่วนฐานแอ่นโค้ง แบบ “ท้องสำเภา” มีประตูทั้งทางด้านหน้าและหลังด้านละ ๒ ประตู ในส่วนของห้องที่ต่อเห็นออกไปทางด้านทิศตะวันออกมีประตูเข้าพระอุโบสถวัดใหญ่อินทาราม-ออก ๕ ประตู หน้าต่างของพระอุโบสถที่ผนังด้านเหนือและใต้เดิมมีด้านละ ๖ ช่อง และมีการสร้างขึ้นใหม่อีกด้านละ ๖ ช่อง ที่ผนังด้านนอกรอบกรอบประตูและหน้าต่างประดับ
ด้วยเครื่องถ้วยเป็นรูปซุ้มสามเหลี่ยมหน้าจั่ว ตรงกึ่งกลางมีปูนปั้นรูปดอกไม้ประดับ บานประตูไม้มีลายประดับมุก บานหน้าต่างเขียนลายรดน้ำเป็นสายพันข้าวปัณฑ์ ภายในพระอุโบสถประดิษฐานพระประธาน ปางมารวิชัย และพระพุทธรูปปางต่างๆ ซึ่งล้วนแต่เป็นพระพุทธรูปปูนปั้นลงรักปิดทองศิลปะอยุธยาตอนปลายรัตนโกสินทร์ตอนต้น เสาร่วมในพระอุโบสถ เครื่องบนหลังคา ชื่อ และเพดานไม่มีการตกแต่งด้วยลวดลายปิดทองร้องชาย ที่ผนังภายใน